Kościół parafialny znajduje się w zabudowaniach klasztoru, którego początki sięgają roku 1633. To wtedy wojewoda sandomierski Krzysztof Ossoliński herbu Topór i jego żona Zofia z Wojsławic Cikowska fundują poza miastem klasztor dla nawracania arian licznie zamieszkałych w tych okolicach. Kościół klasztorny otrzymuje wezwanie św. Marii Magdaleny.
W 2 połowie XVII w. do kościoła zostaje przybudowana kaplica św. Anny. Fundatorem jej jest Stefan Bidziński, wojewoda sandomierski i starosta grodowy chęciński, uczestnik bitwy pod Wiedniem. Do dzisiaj na ruinach starego kościoła widnieje jego epitafium.
W czasie II wojny światowej kościoły stopnickie dzielą los miasta Stopnica zamieniając się w gruzy. Kościół klasztorny w dniu 7 listopada 1944 roku zostaje wysadzony w powietrze i dotąd nie został odbudowany. Po zakończeniu wojny nabożeństwa odprawiane są w pomieszczeniach klasztornych. Kaplica przyklasztorna, w latach powojennych, znajdowała się w pomieszczeniach klasztoru, w obecnej jadalni, a od końca lat 60. XX w., w byłym spichlerzu.
W 1979 roku klasztor przechodzi na własność Zgromadzenia Księży Sercanów (https://stopnica.scj.pl/strony/duszpasterze). W dniu 9 listopada 1985 roku z części parafii Stopnica, ksiądz biskup Stanisła Szymecki wydziela nową parafię przyklasztorną. W skład tej parafii należą wioski: Kąty Stare, Folwarki, Skrobaczów, Prusy, Wolica wieś i Wolica - przy szosie w kierunku Buska - Zdroju.
Parafia przyjmuje za patrona św. Antoniego Padewskiego, który pochodził z bogatej portugalskiej rodziny. Ochrzczono go imieniem Ferdynand. Jeszcze zanim ukończył 20 lat, Kanoników Regularnych św. Antoniego. Kiedyś przez przypadek poznał pięciu franciszkanów podążających do Afryki. Pod wrażeniem ich życia i męczeńskiej śmierci wstąpił do zakonu franciszkanów. W zakonie przyjął imię Antoni. Po fiasku wyprawy misyjnej do Afryki oddał się pracy duszpasterskiej i kaznodziejstwu. Opiekował się ubogimi oraz był wykładowcą na europejskich uniwersytetach. Pisał kazania na święta kościelne. Ostatnie lata życia spędził w klasztorze Świętej Marii w Padwie, gdzie zmarł w wieku 36 lat.Za życia miał miano „młot na heretyków”. Był jednym z najbardziej cenionych kaznodziei XIII w.: o szerokiej wiedzy i silnym głosie. Tradycja podaje, że pewnej nocy nawiedziło Antoniego Dzieciątko Jezus i ucałowało go zapewniając o miłości Boga. Z tej przyczyny święty jest przedstawiany z małym Jezusem z Nazaretu na ręku. Wspomnienie przypada w dniu 13 czerwca. Święty Antoni jest m.in. patronem osób i rzeczy zaginionych, dzieci, górników, małżeństw, narzeczonych, położnic, ubogich i podróżnych. W naszej parafii w sposób szczególny oddawany jest mu kult we wtorki oraz w dniu odpustu parafialnego. Więcej można wyczytać:https://stopnica.scj.pl/strony/wtorki-do-sw--antoniego
Parafia jest obecnie zamieszkiwana przez około 1300 parafian.
